Nach Errichtung des Bistums Bamberg 1007 durch Kaiser Heinrich II. erfolgte 1015 die Gründung des Benediktinerklosters St. Michael durch den ersten Bamberger Bischof Eberhard. Das Benediktinerkloster war die erste Klostergründung in Bamberg und bischöfliches Eigenkloster. Die Klosteranlagen der Benediktinerorden wurden bewusst und in Anlehnung an weitere Michaelspilgerstätten auf Bergen oder wie in Bamberg auf einem der sieben Hügel, Ausläufer des Steigerwalds, gebaut. Die ersten Mönche kamen anfangs aus den Abteien Amorbach und Fulda. Die Blüte erlebte das Kloster unter dem Bamberger Bischof Otto im 12. Jahrhundert, insbesondere mit der Heiligsprechung des in der Klosterkirche beigesetzten Förderers des Klosters Bischof Otto im Jahr 1198 und dem päpstlichen Schutz der Abtei. Die Unabhängigkeit vom Bischofsstuhl erlangte die Abtei im Jahr 1251.