Pentru a evalua modificările moleculare induse de aplicarea tehnologiei CRISPR/dCas9 pentru a supraexprima genele endogene în cadrul proiectului PNRR CF-197/2022 (THERAGENLIV), am planificat secvențierea ARN (RNA-seq) a profilului transcriptomic al ARN lungi (lncRNA-seq) codante (mRNA) și necodante (lncRNA) în celulele transfectate folosind tehnica NGS (next generation sequencing). De asemenea, profilul transcriptomului (lncRNA-seq) va fi analizat și în ficatul șoarecilor transfectați cu plasmidele CRISPR/dCas9 și în structuri organotipice expuse la secretomul celulelor transfectate. Cerințele tehnice minimale: - Analiza se va face pe probe de ARN izolate în laborator și trimise prin curier în locația care face serviciul de lncRNA-seq; - Analiza va include controlul de calitate (QC) al probelor ARN și pregătirea probelor pentru secvențiere (directional library preparation – rRNA removal); - Secvențierea se va face cu minim 40M reads, 150 bp (PE150) la 12G (raw data per sample); se va detalia echipamentul folosit pentru secvențierea RNAseq; - Analiza datelor va include analiza bioinformatică a datelor obținute (inclusiv enrichment analysis pentru genele codante și lncRNA); - Se vor detalia costurile de analiză per probă, inclusiv cele de transport prin curier; se solicită patru (4) transporturi individuale incluse; - Numărul de probe pentru care se va face oferta este 90; - Datele se vor transmite prin Cloud ; se vor detalia aceste costuri. English version To evaluate the molecular changes induced by the application of CRISPR/dCas9 technology to overexpress endogenous genes in PNRR CF-197/2022 (THERAGENLIV) project, we planned RNA sequencing (RNA-seq) of the transcriptomic profile of long RNA (lncRNA-seq), coding (mRNA) and non-coding RNAs (lncRNAs), in transfected cells using the NGS (next generation sequencing) technique. Also, the transcriptome profile (lncRNA-seq) will also be analyzed in the livers of mice transfected with CRISPR/dCas9 plasmids and in organotypic structures exposed to secretome of transfected cells. Minimal technical requirements: - The analysis will be done on RNA samples isolated in the laboratory and sent by courier to the location that provides the lncRNA-seq service; - The analysis will include quality control (QC) of RNA samples and preparation of samples for sequencing (directional library preparation – rRNA removal); - Sequencing will be done with a minimum of 40M reads, 150 bp (PE150) at 12G (raw data per sample); the equipment used for RNAseq sequencing will be detailed; - The data analysis will include bioinformatics analysis of the data obtained (including enrichment analysis for coding genes and lncRNAs); - The costs of analysis per sample, including those of transport by courier, will be detailed; four (4) individual transports will be included; - The number of samples for which the offer will be made is 90; - The data will be transmitted via the Cloud; these costs will be detailed.

Atribuirea serviciilor este conditionata de prezentarea informațiilor privind destinatarii finali ai fondurilor din cadrul achiziției publice, conform prevederilor legislației europene și naționale incidente, respectiv Directiva (UE) 2015/849 și Legea nr. 129/2019. Astfel, înainte de a încheia achizitia cu Ofertantul declarat câștigător, acesta va prezenta: a) Pentru ofertanții ai căror acționari sunt persoane fizice sau persoane juridice înregistrate pe teritoriul României, se va depune un extras ONRC; b) Pentruofertantul/ofertanții care are/au în structura acționariatului entități juridice străine, o declarație peproprie răspundere dată de către reprezentantul legal, conform prevederilor art. 326 din Codul Penal privind falsul în declarații, ce va conține datele despre beneficiarii reali (cel puțin nume, prenumeși data nașterii), în conformitate cu prevederile Legii nr. 129/2019; c) Pentru ofertanții străini, înregistrați în afara României, aceștia vor depune documente justificative, certificate sau alte înscrisuri eliberate de autoritatea responsabilă de datele beneficiarului real din țara ofertantului; d) Pentru ofertanții de tipul asociațiilor și fundațiilor, un extras de la Ministerul Justiției (Registrul Național ONG) privind beneficiarii reali ai asociației/fundației; în cazul în care asociația/fundația este o entitate străină sau are beneficiari reali persoane străine, ofertantul va prezenta o declarație pe proprie răspundere dată de către reprezentantul legal/președinte, conform prevederilor art. 326 din Codul Penal privind falsul în declarații, ce va conține datele despre beneficiarii reali (cel puțin nume, prenume și datanașterii), în conformitate cu prevederile Legii nr. 129/2019. Prezentarea parțială a datelor solicitatede art. 22 din Regulamentul RRF (Mecanismul de redresare şi rezilienţă), sau absența lor atrage după sine respingerea ofertei.

Oferta trebuie sa detalieze tipul/modelul de echipament de secventiere care va fi utilizat. Oferta de pret va include si transportul probelor, minim 4 transe. Oferta va fi transmisa in format electronic (format .PDF), la adresa de e-mail: [email protected], nu mai tarziu de termenul limita stabilit in prezentul Anunt. Ofertele depuse dupa termenul limita vor fi respinse.

Serviciile care fac obiectul achizitiei sunt necesare in cadrul proiectului: ”Îmbunătățirea potențialuluiendogen anti-oxidant și de îndepărtare a colesterolului prin editare genică în boala ficatului gras; studii pre-clinice" THERAGENLIV- CF 197; Contract finantare nr. 760059 / 23.05.2023; PNRR; Apel nr. PNRR-III-C9-2022 - I8