Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministerija vykdo Žuvininkystės programos Audito institucijos funkcijas, nustatytas Reglamento Nr. 2021/1060 77 straipsnyje. Audito institucija, kasmet turi parengti ir Europos Komisijai pateikti metinę audito nuomonę, nurodytą Reglamento Nr. 2021/1060 77 straipsnio 3 dalies a punkte, pagal XIX priede pateiktą šabloną ir metinę kontrolės ataskaitą, nurodytą Reglamento Nr. 2021/1060 77 straipsnio 3 dalies b punkte, pagal XX priede pateiktą šabloną, todėl perkamos Europos jūrų reikalų, žvejybos ir akvakultūros fondo Lietuvos žuvininkystės sektoriaus 2021–2027 metų programos valdymo ir kontrolės sistemos vertinimo ir metinės kontrolės ataskaitos teikimo Europos komisijai parengimo paslaugos.